Suzumiya Haruhi no Yūutsu trata de la vida de la estudiante de secundaria superior Haruhi Suzumiya y de aquellos que quedan atrapados en sus locuras. Aunque Haruhi es el personaje central, la historia es contada desde el punto de vista de Kyon, uno de sus compañeros de clase.

Kyon es un estudiante de secundaria superior que recientemente ha dejado atrás sus fantasías de sucesos paranormales, viajeros del tiempo, y aliens, junto con la escuela secundaria inferior. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excéntrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya el primer día de clase, inintencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real.

Haruhi busca entre todos los clubs de la escuela alguno que le interese, pero tan solo insatisfacción en ellos a pesar de ser buena en prácticamente cualquier tarea que se propone. Kyon hace una observación maliciosa de sus acciones y accidentalmente le da a Haruhi la idea de fundar ella misma un club. Haruhi recluta a Kyon a la fuerza para que la ayude a fundar el club, aunque a él tan sólo le interesa proteger a otras víctimas indefensas de los "arrestos voluntarios" de Haruhi. Conforme la historia va progresando se revela que cada una de estas supuestas "víctimas indefensas" tiene una razón para estar allí.